Ang matigas na tubig ay naglalaman ng mataas na konsentrasyon ng calcium, magnesium, at iba pang mga mineral na asing-gamot na, kapag pinainit at sumingaw, ay maaaring bumuo ng mga deposito ng sukat sa ibabaw ng mga heat exchanger ng condenser na pinalamig ng tubig. Sa paglipas ng panahon, ang sukat na ito ay nagsisilbing isang insulating barrier sa pagitan ng coolant na tubig at ng mga ibabaw ng metal ng condenser, na nagpapahina sa kahusayan sa pagpapalitan ng init. Habang lumakapal ang sukat, nangangailangan ito ng mas maraming enerhiya upang makamit ang parehong epekto ng paglamig, na humahantong sa pagbawas ng kahusayan ng system, mas mataas na gastos sa pagpapatakbo, at pagtaas ng pagkasira sa system. Ang pagtatayo ng scale ay maaari ding humantong sa pagbawas ng kapasidad ng daloy sa loob ng condenser, na nagreresulta sa mas mataas na mga presyon at temperatura. Upang labanan ang mga epektong ito, maraming water-cooled condenser ang gumagamit ng mga water softener na nag-aalis ng mga calcium at magnesium ions, o gumagamit ng mga anti-scaling na kemikal upang pigilan ang pagbuo ng sukat.

Ang kalidad ng tubig na may matinding pH (masyadong acidic o masyadong alkaline) ay maaaring humantong sa kaagnasan ng mga bahagi ng metal sa water cooled condenser . Ang mababang pH (acidic) na tubig ay maaaring maging sanhi ng oksihenasyon ng mga ibabaw ng metal, na humahantong sa kalawang at pagpapahina sa integridad ng istruktura ng condenser, habang ang mataas na pH (alkaline) na tubig ay maaaring magdulot ng alkaline corrosion, na sumisira sa mga ibabaw ng metal. Ang pagkakaroon ng mga chloride, na kadalasang matatagpuan sa tubig-dagat o pang-industriya na tubig na nagpapalamig, ay maaaring mapabilis ang pitting corrosion, na humahantong sa lokal na pinsala. Upang maiwasan ang kaagnasan, dapat tratuhin ang tubig upang mapanatili ang pinakamainam na hanay ng pH, karaniwang nasa pagitan ng 7 at 8.5, na mainam para maiwasan ang parehong acidic at alkaline na kaagnasan. Ang mga corrosion inhibitor, gaya ng phosphates, zinc compounds, o silicates, ay karaniwang ginagamit kasabay ng regular na pagsusuri ng tubig upang matiyak na ang kalidad ng tubig ay nasa loob ng mga limitasyon na matitiis.

Ang mga pinagmumulan ng tubig na naglalaman ng mga sediment, dumi, o iba pang particulate matter ay maaaring humantong sa pagbara at pagbabara sa loob ng mga sistema ng piping at heat exchanger ng condenser na pinalamig ng tubig. Ang mga solidong particle na ito ay maaaring hadlangan ang daloy ng tubig, na binabawasan ang kapasidad nito na dalhin ang init palayo sa condenser. Ang pinababang daloy ay nagpapataas ng presyon sa loob ng condenser at nakakabawas sa pangkalahatang kahusayan nito sa paglamig. Sa paglipas ng panahon, ang akumulasyon ng sediment ay maaaring humantong sa nakasasakit na pagkasira sa mga panloob na bahagi, higit pang pagtaas ng mga pangangailangan sa pagpapanatili at ang potensyal para sa pagkabigo. Upang pagaanin ang mga isyung ito, karaniwang inilalagay ang mga filtration system o strainer sa mga water inlet point upang mahuli ang malalaking particle bago sila pumasok sa condenser. Ang mga system na ito ay idinisenyo upang alisin ang buhangin, banlik, at iba pang mga nasuspinde na solid na maaaring makapinsala sa mga panloob na bahagi o makabawas sa pagganap.

Ang biofouling ay nangyayari kapag ang mga mikroorganismo, tulad ng bacteria, algae, at fungi, ay naipon sa mga ibabaw ng heat exchange ng condenser. Kapag hindi napigilan, ang mga mikroorganismo na ito ay maaaring bumuo ng isang biofilm, na nagsisilbing isang insulating layer na makabuluhang nakapipinsala sa paglipat ng init. Ang biofilm ay nagtataguyod din ng kaagnasan at pagbabara, na higit na nagpapababa sa kahusayan ng system. Ang biofouling ay mas karaniwan sa mga sistemang gumagamit ng tubig sa ibabaw (ilog, lawa, o tubig-dagat) na may mas mataas na antas ng organikong materyal. Ang paglaki ng algae ay partikular na may problema dahil maaari itong harangan ang daloy ng tubig at humantong sa pagtaas ng pagkonsumo ng kuryente habang binabayaran ng system ang pinababang kahusayan sa paglipat ng init. Upang labanan ang biofouling, ang mga sistema ng paggamot sa tubig ay kadalasang kinabibilangan ng mga kemikal na biocides (tulad ng chlorine, bromine, o mga compound na nakabatay sa tanso) na pumapatay ng mga mikroorganismo bago sila makapagtatag ng biofilm. Ang Ultraviolet (UV) light treatment ay isa pang environment friendly na opsyon para maiwasan ang microbial growth.